Однако после вступления на престол императора Александра II университетам стали возвращаться некоторые отнятые ранее права и академические свободы. В 1855 году был заново разрешен неограниченный прием студентов в университеты. Были восстановлены кафедры истории философии и кафедры государственного права европейских стран. Университеты опять получили право выписывать литературу из-за рубежа без ее цензурного рассмотрения. В 1861 году была отменена форма для студентов университета, а в 1863 году был принят новый устав университета, который прошел обсуждение в течение пяти лет в университетах, комиссиях и даже был переведен на европейские языки. Принятый устав снова провозглашал автономию университетов. Ученые степени присуждались университетами без утверждения попечителями. Ректор избирался советом университета на 4 года, деканы — факультетским собранием на 3 года. Начиная с 1865 года министерство народного просвещения разрешило обучаться в России иностранным студентам. В период царствования Александра II были открыты два новых университета - Новороссийский в 1865 году в Одессе, на базе Ришельевского лицея, и Варшавский в 1869 году на базе «Главной школы». Кроме того были образованы два новых историкофилологических института в Петербурге (1867 г.) и в Нежине (1874 г.), институт сельского хозяйства в Новой Александрии (1869 г.) и археологический институт (1877 г.). В период царствования императора Александра III состоялась новая реформа университетского образования, которая снова существенно ограничила университетское самоуправление. Ректор университета опять стал лицом, которое назначалось министром народного просвещения. Была ограничена компетенция университетских советов и факультетских собраний. Деканы стали назначаться попечителями. Была упразднена должность проректора. Прекращена деятельность университетских судов. В 1885 году вновь введена форма для студентов. Но и в этот период были открыты два новых высших учебных заведения - Харьковский технологический институт (1884 г