Исследовательский аппарат приобретает собственную логику развития, которая отнюдь не во всех случаях обуславливает преимущественную разработку наиболее актуальных проблем – опасность, на которую своё время обращал внимание ещё А. Маршалл. Возникает также угроза серьёзного расхождения между практикой и экономическим образованием. Во всех университетах мира в качестве основы экономического образования преподаются так называемые «мейнстрим» («mainstream» – основное течение), пронизанный неоклассическим подходом. Это вполне закономерно: неоклассическая теория внутренне согласованна и последовательна, её можно изложить без искажений на любом уровне сложности, в том числе начинающих. Сделать то же самое с институциональной теорией намного сложнее. В то же время потребности экономической политики предполагают учёт институциональных особенностей в масштабах, неподъёмных для абстрактной неоклассической теории. Возникает объективное противоречие между экономической теорией для образования и экономической теорией для практики. Особенно велико это противоречие в странах с переходной экономикой, максимально удалённых от неоклассической равновесной модели эффективного рынка. В известной мере способом разрешения этого противоречия может быть разработка наряду с неоклассической базой институциональных курсов экономики развития, компаративных курсов переходной экономики, отражающих мировое и, конечно, российский опыт. Однако дело это гораздо более трудоёмкое, чем освоение стандартных курсов западного образца. Девяностые годы были отмечены резким всплеском потребности в экономическом анализе со стороны экономических субъектов. Однако эти потребности носили сугубо прикладной характер и во многом были несоразмерны возможности как отечественной экономического образования. Российская хозяйственная система оказалась в непростой ситуации перехода от командной экономики к рыночной. Между тем за малыми исключениями отечественные научные и образовательные учреждения были плохо подготовлены к анализу такого рода проблем и не располагали необходимым методологическим и понятийным аппаратом исследования, так как привыкли работать в рамках марксистско-ленинской политической экономии и были ориентированы на решение проблем планового хозяйства